Muzeul de Mineralogie și-a început activitatea ca secție a Societății Muzeului Ardelean, fondată la Cluj în 1859. Odată cu înființarea universității clujene, în 1872, și până în prezent, colecțiile geologice (minerale, roci și fosile) au fost utilizate ca material didactic, responsabilitatea de a le îngriji și dezvolta revenind în principal profesorilor Catedrei de Geologie și Mineralogie, precum Anton Koch, Gyula Szádeczky, Victor Stanciu și Eugen Stoicovici.

În 1900, la darea în folosință a sediului central al universității (de pe actuala Str. M. Kogălniceanu nr. 1), colecțiile geologice au fost mutate în sălile pe care le ocupă și în prezent, ca parte a Catedrei de Geologie și Mineralogie.

În 1919, fondarea Universității „Daciei Superioare”, numită ulterior Universitatea Regele „Ferdinand I”, a marcat începutul unor schimbări majore pentru colecțiile geologice, devenite colecții academice. Acestea sunt separate în cadrul a două instituții diferite. Astfel, fosilele au fost mutate în alte săli din clădirea universității, ca parte a Muzeului de Paleontologie, mineralele, rocile și....